Dibina pada 05 Sept 1958 dan diasaskan oleh O.T Magayan Molingun dan dibantu oleh semua penduduk kg Bantayan, Kg Minitod, Kg. Sukang dan Kg. Mapbai. Dengan sumbangan tenaga dan RM10 dari setiap keluarga maka terbinalah NVES Bantayan yang berukuran 50’x30’ dengan hanya bertiangkan batang rumbia dan beratapkan daun rumbia. Sekolah ini didirikan di atas tanah simpanan bumiputera kampung Bantayan seluas 6 ekar. Persekolahan bermula dengan hanya 18 orang murid dan seorang guru besar yang merupakan tenaga pengajarnya juga.
Kini, SK Bantayan mempunyai 3 blok bangunan, sebuah makmal komputer, kantin, sebuah bangunan Prasekolah dan 4 buah rumah guru. Jumlah murid bertambah ke angka 228 orang dan 22 orang guru.
1. EN.KUI SHIN HAI (1958-1963)
2. EN. JUSTINE KOSONG (1963-1964)
3. EN. KAWAYAN KINDAU (1964-1965)
4. EN. MAJINGIN GALADAU (1965-1968)
5. EN. KUI SHIN HAI (1969-1978)
6. EN. ADNIN KENALI (1979-1982)
7. EN. ANDREW BEJIUM (1982-1993)
8. EN. WILFRED A.GAHIS (1994-2004)
9. EN. JOESEY LIMY (2004-2009)
10. EN. ABDUL HAJIS HJ SAIPUDDIN (2009-2011)
11. EN. AWANG MOHD TAMIN (2011- SEKARANG)
